Approches symboliques-numériques creuses pour la distribution de motifs dans l'ADN et le protéome.

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Séminaire Modèles et Algorithmes Déterministes: CASYS

5/05/2011 - 09:45 Salle 1 - Tour IRMA

Nous présentons des calculs d'analyse de distribution de motifs dans de longues séquences générées par des sources markoviennes. Notre approche tient compte de l'aspect compact du motif considéré par rapport à la taille de la séquence. Nous présenterons notamment une approche par expansion de Taylor rapide d'une reconstruction rationnelle bivariée de la distribution et une approche récursive, toutes deux alliant calcul numérique et calcul exact. L'intérêt de notre approche sera illustré sur deux applications biologiques : les facteurs de transcription du chromosome humain n°5 et la signature PROSITE de motifs fonctionnels de protéines.