Séminaire LJK-Modèles et Algorithmes Déterministes: CASYS

 

Le Jeudi 5 Mai 2011 à 9h45 en Salle 1 - Tour IRMA

 

Séminaire de

 

Approches symboliques-numériques creuses pour la distribution de motifs dans l'ADN et le protéome.

 

Résumé:

 

Nous présentons des calculs d'analyse de distribution de motifs dans de longues séquences générées par des sources markoviennes. Notre approche tient compte de l'aspect compact du motif considéré par rapport à la taille de la séquence. Nous présenterons notamment une approche par expansion de Taylor rapide d'une reconstruction rationnelle bivariée de la distribution et une approche récursive, toutes deux alliant calcul numérique et calcul exact. L'intérêt de notre approche sera illustré sur deux applications biologiques : les facteurs de transcription du chromosome humain n°5 et la signature PROSITE de motifs fonctionnels de protéines.